Pour des raisons politiques, Napoléon "oublie" Nantes lorsque s’amorce le processus de recréation des universités. Nantes ne reste pas pour autant une ville vierge de tout enseignement supérieur. S’y développent plusieurs établissements, qui constitueront, pour la plupart, le socle de la future université.

Ainsi, dès 1797, est fondée une première Ecole libre de Médecine qui, après de nombreux changements de statuts, deviendra la faculté de Médecine en 1954. Au cours des XIXème et XXème siècles de nouvelles créations voient le jour : en 1855, l'Ecole préparatoire à l'enseignement des sciences et lettres, en 1875, l'Ecole de droit et de notariat, en 1904, l'Ecole des beaux-arts, en 1908, l'Ecole dentaire, en 1919, l'Institut polytechnique de l'ouest, et en 1959, la Faculté des sciences.

Plusieurs tentatives de refondation de l’université émergent au cours de cette longue période mais sans jamais se concrétiser.