XVe siècle: Fondation de la première Faculté de Médecine au sein de l'Université Nantaise :
L'université de Nantes a été fondée en 1460, suite à la décision politique du duc de Bretagne, François II, de doter son Etat d'un "élément de prestige". L'université devait, en effet, contribuer à l'ornement, à l'embellissement intellectuel et spirituel de la cité, tout en renforçant son rôle de capitale du duché. Le "studium generale" était alors composé de cinq facultés: théologie, droit canon, droit civil, médecine, arts. Il connut, en ses débuts, une réelle prospérité. Des maîtres d'Angers, d'Avignon, de Paris sont venus y enseigner. Cependant, suite aux guerres franco-bretonnes de la fin du règne de François II et des premières années de la duchesse Anne, maîtres et écoliers quittèrent la ville...
Sous l'Ancien Régime, l'université de Nantes n'a eu ni grande activité ni réel prestige. Après la mort de la reine Anne, l'université se trouva privée de l'appui de la maison ducale. Tenant son existence de la papauté et non du roi, elle perdit peu à peu ses privilèges au cours des XVIe et XVIIe siècles. N'ayant eu le temps d'acquérir de renom, la pratique de l'enseignement y avait pratiquement disparu parce qu'il n'y avait plus guère d'étudiants.
Toutefois, pour avoir su tisser des liens étroits avec la ville de Nantes, la médecine est l'une des facultés nantaises qui a été la moins mouvementée et ce depuis le XVIIe siècle.
L'importation des savoirs étrangers a joué un rôle important dans l'histoire de la faculté de médecine de Nantes. Port de liaison entre le Portugal, l'Espagne et les pays nordiques, Nantes favorisa les minorités, qui participèrent largement à son histoire en s'intégrant dans la vie de la cité et en apportant leurs compétences. Plusieurs exilés portugais figurent parmi les docteurs régents de la faculté de médecine, ce qui lui a valu une reconnaissance par les grands personnages de l'Etat.
Lasse d'être une faculté de médecine sans argent, Nantes décide d'être une faculté élitiste, un collège de médecine à numerus clausus. L'apport des corporations des chirurgiens et des apothicaires à la médecine, l'essor du Jardin des apothicaires, la multitude des chirurgiens navigants et la lutte contre les épidémies feront de Nantes un centre de recherches en botanique, anatomie et épidémiologie.
Au XVIIIe siècle, l'accroissement des besoins médicaux, avec l'expansion du port, va donner naissance à l'Ecole de chirurgie (1754), véritable aïeule de notre CHU actuel.
Le développement de cette école sera une des principales causes du déclin de la faculté de médecine, avec sa fermeture en 1793. Toutefois, au XIXe siècle, il donnera naissance à l'Ecole secondaire de Médecine (1808). En effet, Napoléon Ier décide alors de créer une école qui dispensera des cours théoriques et pratiques de Médecine, Chirurgie et de Pharmacie.