"L'Université de Nantes fut fondée en l'an 1460, mais c'est l'Université du Commerce qui brille dans cette ville. Ils arment tous les ans plusieurs navires pour la traite des nègres dans les colonies françaises. Ce débit de toutes sortes de marchandises est plus élevé et plus vif à Nantes que dans les autres villes du Royaume."

Louis de Jaucourt, L'Encyclopédie, 1765 - Article "Nantes"

Après l’union avec la France, Nantes connait un certain essor, la population passant de 15 000 à la fin du XVème siècle à 25 000 habitants un siècle plus tard. Dans ce contexte, l’Université peine à trouver sa place, les marchands et riches armateurs préférant pour leurs enfants l’apprentissage "de terrain", sur l’un des 2000 bateaux qui fréquentent le port plutôt que l’enseignement dispensé dans les facultés.

En octobre 1735, un rapport royal ordonne le transfert à Rennes de la Faculté de Droit. Il statue que les étudiants ne font à Nantes "que des études très imparfaites et sont d’ailleurs exposés à toutes les occasions de dissipation et de dérèglement qu’une ville aussi peuplée que celle de Nantes, et où il aborde un aussi grand nombre d’étrangers, peut leur présenter".

Toujours d’après ce rapport "les habitants de Nantes s’attachent beaucoup plus au commerce qu’à l’étude, souvent trop stérile, des lois et de la jurisprudence".

Les autres facultés demeurées à Nantes se maintiennent tant bien que mal jusqu’à la Révolution.

L’université ne survit que quelques années au nouveau contexte politique. Considérée comme une corporation de l’Ancien régime et étroitement surveillée par le pouvoir elle doit graduellement réduire ses activités.

Le coup de grâce intervient en septembre 1793 avec un décret de la convention nationale qui décide de la suppression pure et simple de l’ensemble des universités françaises "sur toute la surface de la République".

La première université nantaise est dissoute.