Au cours des années 1990, alors que de nombreuses constructions nouvelles voient le jour, une réflexion est lancée sur le réaménagement global des campus dans le but d’améliorer la qualité de vie et valoriser les différents sites (Campus de la Lombarderie, du Tertre et de la Chantrerie). Le réaménagement de grands espaces verts et la disparition du gigantesque parking du campus du Tertre, qui lui donnait des airs de grand supermarché, sont les plus symboliques des actions réalisées.

Cette époque sera également marquée par de nombreux débats sur le choix des sites en vue d’y installer les nouvelles constructions. De nombreuses voix se font alors entendre pour réclamer le déménagement de certaines UFR dans le centre-ville. A l’exception de l’installation de l’université permanente et du service de la formation continue dans les anciens chantiers Dubigeon, sur l’Ile de Nantes, en 1994, les autres projets ne verront pas le jour.

La construction de l’IUT donnera également lieu à des débats sur l’opportunité de l’installer sur le Campus de la Chantrerie ou à la Fleuriaye (Carquefou), ce dernier choix étant finalement retenu, en 1995.

De même les collectivités feront pression pour que le centre international des langues s’installe à la Chantrerie avant que le choix définitif ne se porte sur le campus du Tertre, avec les autres formations de lettres et de sciences humaines.