Au moment du départ du Président Jacques Vilaine, au début de 1984, l’université est engagée dans une forte dynamique de développement qui se traduit notamment par le lancement de multiples projets de nouvelles formations, principalement dans le domaine technologique.

Cette dynamique relativement sectorisée et vigoureusement soutenue par les collectivités ne manque pas d’entraîner certaines frictions : certaines UER considèrent être moins favorisées et sont en difficulté en raison d’une augmentation rapide des effectifs, notamment en sciences humaines et sociales.

Les tensions concernant les stratégies de développement choisies par l’établissement - jusqu’alors discrètes - se cristallisent lorsque l’université tente de trouver un consensus entre ses administrateurs sur une modification de ses statuts qui doivent être mis en conformité avec la loi Savary. Cette loi, votée en janvier 1984, vise à réformer les universités et à améliorer la démocratie interne.

Paul Malvy, Doyen de la faculté de médecine nommé administrateur provisoire de l’université par le ministère en l’absence d’un président élu, ne parvient pas à dégager de consensus sur cette question. Après l'expiration de leur mandat, les administrateurs ne peuvent être remplacés, créant un vide institutionnel. La situation de blocage s'éternise pendant plus de trois ans jusqu'en 1988, empêchant toute prise de décision importante.

Dans ce contexte de vacance institutionnelle, et alors que les premières formations technologiques voient le jour sur le nouveau campus de la Chantrerie, quelques universitaires nantais portent leur attention à un appel d’offre lancé en 1985 par le ministère chargé de l’Enseignement supérieur visant à la création de nouvelles universités technologiques, à l’instar de celle lancée à Compiègne. L’idée est de rassembler au sein de cette future structure l’ensemble des écoles d’ingénieurs de la région nantaise. Les tensions s’accentuent alors, d’aucuns estimant que ce projet risque de provoquer une scission de l’université avec le risque particulier de voir se développer à Nantes « des universités à deux vitesses ».

A ces difficultés s’ajoute l’affaire Roques, du nom de l’auteur d’une thèse ouvertement négationniste soutenue à Nantes, en littérature comparée, le 15 juin 1985.

N’éclatant qu’un an plus tard, cette affaire ternira pendant de longues années l’image de l’Université de Nantes. Les conditions irrégulières dans lesquelles s’est déroulée la soutenance, en l’absence notamment de certains membres du jury, permettra finalement d’annuler cette thèse en juillet 1987, non sans avoir créé un certain émoi dans la communauté universitaire.