A partir de 2006, dans une volonté d’encourager les fusions d’établissements supérieurs co-existants sur un même site ou a minima des coopérations, a été lancée la création des PRES (Pôles de Recherche et d’Enseignement Supérieur).

L’Université de Nantes s’est rapidement engagée dans cette dynamique. Après débat sur le périmètre de cette future structure, une alliance avec des établissements de la région des Pays de la Loire est finalement choisie, portée par les quatre établissements de la région habilités à décerner des diplômes de doctorat (Universités de Nantes, Angers, Le Mans, Ecole centrale de Nantes).

Le 29 juin 2009, le PRES UNAM (pour Université de Nantes, Angers, Le Mans) est officiellement lancé. Il fédère aujourd’hui 29 établissements.

Engagée fortement dans la dynamique des investissements d'avenir, à une échelle interrégionale, l'Université de Nantes se trouve à un carrefour de son histoire devant allier politique d'établissement et politique coordonnée interuniversitaire, voire inter-établissements.

Cet avenir ne saurait être pensé qu'à la seule aune du regroupement d'universités ou d'établissements situés sur un site unique, mais également en termes de différenciation/complémentarité/attractivité à l'échelle du territoire ligérien et breton regroupant 7 universités pluridisciplinaires et de nombreuses écoles de tailles et de valeurs diverses. L'Université de Nantes, forte de sa position de leader en Pays de La Loire, est consciente d'avoir, avec ses partenaires, à mener à son terme une réflexion de fond s'appuyant sur ses points forts ainsi que ceux de ses partenaires Les réflexions sont déjà en cours avec les universités ligériennes et devront à terme s'étendre à l'inter-région.

L'Université de Nantes est confiante quant à sa capacité à maîtriser son avenir, compte tenu de ses forces et de ce qu'elle a pu construire au cours des dernières années dans un paysage universitaire recomposé. Grâce à sa pluridisciplinarité, son unité choisie de longue date, ses atouts en recherche, formation et relations internationales, et l'apport de ses partenaires, l'Université de Nantes est la force fédérative de l'enseignement supérieur en région. Elle s'inscrit résolument dans une politique partenariale