Au tournant du XXIème siècle, l’autonomie des universités est un projet fréquemment évoqué par les différents gouvernements successifs, de gauche comme de droite. Le projet politique affiché vise à doter les universités d’une organisation plus souple et à leur laisser davantage de latitude dans la détermination de leurs projets de recherche et de formation, en adéquation avec leurs forces respectives et leurs logiques de territoires.

Suite à la loi votée en 2007, l’Université de Nantes est passée, en 2009, aux Responsabilités et Compétences Elargies qui a notamment donné lieu au transfert de la gestion des personnels de l’Etat à l’établissement. Ce transfert s’avère complexe, l’Etat ne compensant pas aujourd’hui les dépenses comme il s’y était engagé.