Conformément à la loi Faure, une assemblée constitutive provisoire élue effectue un travail complexe qui doit amener l’Université à se doter de nouveau statuts pour adapter son fonctionnement à la nouvelle donne.
Ce travail prendra quasiment deux ans et aboutira, en janvier 1971, à l’élection du 1er Président de l’Université de Nantes, Jean-Pierre Kernéïs, jusqu’alors Doyen de l’UER de Médecine.
Jean-Pierre Kernéïs préconise une politique de centralisation des différents services universitaires pour en finir avec les tendances centrifuges des facultés. Il juge les anciennes structures dépassées et considère qu’un recentrage peut permettre, sur le plan technique, de pallier la faiblesse des moyens et des personnels administratifs.
La première Présidence de l’université est d’abord installée rue Charles Monselet avant de rejoindre le site ou elle est installée actuellement, quai de Tourville, face à la Loire, à deux pas du CHU.