Le retour au pouvoir du Général de Gaulle en 1958 amorce un timide processus de régionalisation propice à l'émergence d’un grand pôle d’enseignement supérieur à Nantes. Le projet de création d’une Université cadre également très bien avec la volonté des élites locales de faire de Nantes une "métropole d’équilibre", sorte de contrepoids à la toute-puissance parisienne.

La création de nouvelles universités répond, de plus, à une croissance très forte de la population étudiante au début des années 1960. Celle-ci passe ainsi de 137 000 étudiants en 1949-50 à 215 000 en 1960-62.

La France compte 16 universités en 1960, 77 en 1970.

En mai 1961, le Premier ministre Michel Debré, vient poser la première pierre de la future Faculté des Sciences sur le site de la Lombarderie.

A cette occasion, il fait l’annonce que la municipalité de Nantes attendait depuis longtemps, celle de la prochaine refondation de l’université.

Celle-ci est promulguée par un décret officiel du 29 décembre de la même année qui prend effet au 1er janvier 1962.

La nouvelle université rassemble la Faculté mixte de médecine et de pharmacie, la Faculté des sciences, l’Ecole nationale supérieure de Mécanique, le collège universitaire des Lettres et l’Institut de droit et de sciences économiques ; ces deux dernières structures étant élevés au cours des années suivantes au rang de Facultés.