L’explosion des effectifs à laquelle fait face l’Université de Nantes au cours des années 1990 a parfois compliqué les relations avec la ville de Nantes. La période suivante, plus sereine, est propice à la redéfinition des relations qu’entretient l’établissement avec son territoire. Dans cet objectif, Yann Tanguy, Président de l’université de 1997 à 2002, lance une série de consultations visant à améliorer la concertation avec les collectivités. Ainsi, et pour la première fois dans l’histoire de l’université, il se rend en avril 1999 au Conseil municipal pour débattre du développement de l’université.

En outre, afin de renforcer la présence de l’université sur son territoire, des événements de grande envergure tels que les "Rencontres 2000" sont organisés dans le but de renforcer le rôle de l’université en tant que carrefour de réflexion à l’échelle métropolitaine.

Ce type de manifestations se renouvelle par la suite avec les rencontres Université- Cité puis les Journées scientifiques qui permettent chaque année à l’université d’attirer, autour de problématiques scientifiques de haut niveau, des publics variés.

D’autres rendez-vous récurrents tels que les nombreux festivals de cinéma, les programmations du Théâtre universitaire ou les activités d’associations étudiantes, largement soutenus par l’université la positionne comme l’un des grands acteurs culturels de la ville.

Cette volonté de mener une démarche originale de présence sur le territoire trouve également une déclinaison, en 2008, lorsque l’université, en partenariat avec le ministère des Affaires étrangères et la ville, invite, à l’occasion de la Présidence française du Conseil européen, 350 étudiants nantais et 150 étudiants des quatre coins du continent à plancher durant deux jours sur l’avenir de l’Union européenne.

Les conclusions de leurs travaux sont remises, le 10 octobre 2008, aux responsables du Comité pour l’avenir de l’Europe, Veira Vike-Freiberga, Présidente de Lettonie de 1999 à 2007 et Felipe Gonzales, Premier ministre espagnol de 1982 à 1996